Auto-create mRNA plate wizard

[Nicklas Nordborg]

While the current create mRNA plate wizard is powerful it is also complex to use. A simpler variant is needed which basically has no options or extra functionality at all.

The wizard should select pool layout, pre-normalized RNA, regular RNA, and extra RNA according to well-defined rules that requires no user intervention. The rules need to be defined as part of this ticket. The wizard should work with both manual library preparation and NeoPrep so different default values/rules are needed.

The auto-generated plate is displayed for the user which can choose to "Register" it or not.

Suggested rules:

Default: 1x16 offset (Manual TruSeq), 1x16 (NeoPrep)

Utgå från att försöka fylla 15 platser men ’nya’ prover och fyll sista platsen med ett ‘gammalt’ prov. Välj först ’nya’ prover för att fylla 15 platser enligt följande:

1. Auto-select från Pre-normalized RNA enligt default

Om det inte finns 15 st

2. Auto-select från RNA enligt default

Om det inte finns 15 st så blir det fler än 1 'gammalt' prov. Välj ’gammalt’ prov för att kvarvarande tomma platser enligt följande:

1. Välj RNA från en item-list (denna måste definieras)

Om det inte finns tillräckligt för att fylla tomma platser

2. Välj RNA som uppfyller definierade filter krav (dessa måste definieras). Förslag på filter på RNA som ska väljas:
   • Quantity left > 1.5* den mängd som är default (1.5*0.5ug alt. 1.5*0.1µg)
   • RNAQC last >=6
   • har child RawBioassy (cufflinks)
   • har child derived bioassay typ=AlignedSequences, med minst 10 M aligned och max 60% duplication
   • har parent Specimen som i sin tur har child Stained som är GoodStain och Score = complete
   • parent Specimen har LinkedSpecimen = No value
   • parent Case har Consent = Yes

[Nicklas Nordborg]

(In [3645]) References #826: Auto-create mRNA plate wizard

Added "auto-design" options to the index page which are enabled for users with LibraryPrep role.

The wizard has been updated to hide the toolbar and some more elements and disable some elements when started in "auto-design" mode.

The "auto-design" mode also triggers a call to GetRNAForAutoDesign which will load RNA items and place them on the plate automatically. The only implemented rule so far is to select pre-normalized RNA matching the protocol (NeoPrep/Manual TruSeq).