Changes between Initial Version and Version 3 of Ticket #826


Ignore:
Timestamp:
Dec 7, 2015, 2:07:06 PM (5 years ago)
Author:
Nicklas Nordborg
Comment:

Legend:

Unmodified
Added
Removed
Modified
  • Ticket #826

    • Property Status changed from new to assigned
  • Ticket #826 – Description

    initial v3  
    44
    55The auto-generated plate is displayed for the user which can choose to "Register" it or not.
     6
     7'''Suggested rules:'''
     8
     9Default: 1x16 offset (Manual !TruSeq), 1x16 (!NeoPrep)
     10
     11Utgå från att försöka fylla 15 platser men ’nya’ prover och fyll sista platsen med ett ‘gammalt’ prov.
     12       
     13Välj först ’nya’ prover för att fylla 15 platser enligt följande:
     14  1. Auto-select från Pre-normalized RNA enligt default
     15
     16Om det inte finns 15 st
     17  2. Auto-select från RNA enligt default
     18
     19Om det inte finns 15 st så blir det fler än 1 'gammalt' prov. Välj  ’gammalt’ prov för att kvarvarande tomma platser enligt följande:
     20  1. Välj RNA från en item-list (denna måste definieras)
     21
     22Om det inte finns tillräckligt för att fylla tomma platser
     23  2. Välj RNA som uppfyller definierade filter krav (dessa måste definieras). Förslag på filter på RNA som ska väljas:
     24    - Quantity left > 1.5* den mängd som är default (1.5*0.5ug alt. 1.5*0.1µg)
     25    - RNAQC last >=6
     26    - har child !RawBioassy (cufflinks)
     27    - har child derived bioassay typ=!AlignedSequences, med minst 10 M aligned och max 60% duplication
     28    - har parent Specimen som i sin tur har child Stained som är !GoodStain och Score = complete
     29    - parent Specimen har !LinkedSpecimen = No value
     30    - parent Case har Consent = Yes